卵巢囊肿的发病原因如下：

1、生理性原因：多发生于排卵期的育龄期女性，建议月经干净后复查B超，了解囊肿大小。生理性卵巢囊肿常可自行消失，不需特殊处理；

2、病理性原因：包括畸胎瘤、子宫内膜异位囊肿、交界性卵巢囊肿等。病理性卵巢囊肿不会自行消失，需要定期复查B超。若囊肿体积＞5cm，应及时进行手术切除。