复杂性肾囊肿的治疗取决于囊肿类型，大部分复杂性肾囊肿可以治愈。通常建议患者进行增强的CT扫描，可以清楚看到肾囊肿结构。在泌尿外科，对于肾囊肿，有Bosniak分级的分级系统，简单来说肾囊肿是透明大水囊，通常没有恶性度。如果直径＞5cm，则可以切除囊肿壁。如果为单纯囊肿，其中有小钙化或小增厚，也可以按照良性进行处理，因为恶变概率较低。
如果是复杂囊肿，在Ⅲ级、Ⅳ级以上，如分房、分隔较多，分隔之内又有钙化、增厚、不规则，或者直接在肾囊肿中看到实性肿物，即Bosniak分级中Ⅲ级、Ⅳ级的复杂性肾囊肿。如果是Ⅲ级复杂性肾囊肿，可能有肿瘤，Ⅳ级可以看到明确的肿物，肾癌的可能性较高。因此Ⅲ级、Ⅳ级均建议手术切除，做肾脏的部分切除，在切除过程中利用各种技巧，尽量避免囊肿破损或在即将破之前先将囊液吸出，以减少肿瘤对周围术野的污染。
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