肾囊肿治疗方法的选择依据为患者的病情及经济条件，具体如下：

1、囊肿不超过4cm：可进行观察，并定期随访，如肾囊肿存在增大或恶性发展的趋势，需进行手术治疗；

2、囊肿超过4cm：如患者无法耐受手术或经济条件较差，可进行肾穿刺及硬化剂注射治疗。如患者身体素质良好，可进行肾囊肿去顶减压手术治疗，包括开放方式和微创方式；

3、特殊类型的肾盂旁囊肿患者：通过输尿管软镜切开肾盂旁囊肿，进行内引流治疗，治疗效果良好，适用于脊柱严重侧弯和重度肥胖的患者。