艾灸治疗中较常见的不良反应为烫伤、起水泡。前者为艾条的火星掉落在皮肤上引起烫伤，如某些患者皮肤较不敏感，使用艾条过多后，温度较高，亦可引起此类烫伤。后者则为在艾灸治疗20-30分钟后，起针或摒弃艾香后出现水泡。但患者艾灸期间或拔罐期间出现水泡，表明体内湿气较重，此现象可帮助机体除湿，有利于身体健康。