目前肛瘘的治疗以手术治疗为主，原则为清除病灶、尽可能保留肛门功能，具体如下：

1、切开肛瘘，待其自然愈合；

2、切除瘘管，进行缝合；

3、通过挂线手术进行治疗，防止括约肌的急性断裂导致肛门失禁，通常造成患者痛苦明显，丧失一定程度的括约肌功能；

4、瘘口数量较多等病情复杂的肛瘘患者，一般需制定个体化治疗方案，如进行松弛挂线和虚实挂线的结合治疗；

5、通过栓塞、肛瘘栓、LIFT手术，可保留患者的括约肌，也可通过干细胞移植等方法进行治疗。