先天性肝囊肿治疗与囊肿大小、性质及有无并发症有关：

1、小而无症状者，不需治疗；

2、囊肿大并伴有压迫症状者，可在超声引导下穿刺抽液治疗，此种操作简单，且患者无需手术，可重复操作，尤其适用于无法手术患者，但弊端在于抽液之后囊肿往往又迅速长大，患者需多次操作；

3、合并感染者，需行外引流手术，若发生并发症，如蒂扭转、囊肿破裂、囊肿出血等，则需外科手术治疗。