鉴别食管肿瘤的良恶性的金标准是胃镜的检查，若胃镜检查发现食管的黏膜无损，黏膜下有突起包块，则可能为良性肿瘤。若胃镜检查发现食管黏膜有溃疡、新生物，则可能为恶性肿瘤。组织活检可明确诊断食管癌，也可CT检查，判断肿瘤是否有外侵趋势及转移。恶性肿瘤常有周围的主动脉、气管等受侵的趋势，并有可能出现其他部位的转移，如淋巴结转移或肝脏及肺的转移。良性肿瘤无受侵的趋势及转移的倾向。