非结核分枝杆菌属于分枝杆菌的一类，因此结核杆菌的检查方法同样适用于非结核杆菌，通过细菌培养分离得到细菌，进行菌种鉴定是最可靠的检测方法。不仅可以作出明确的菌种鉴定，还可进一步进行药敏试验，对于临床诊断、治疗有着较大的帮助。非结核杆菌属于环境中存在的细菌，易引起标本污染，因此需要通过多次痰培养，多次从痰标本中分离出非结核杆菌，同时结合临床症状、体征、影像学表现，综合判定后才能诊断非结核分枝杆菌疾病。尤其从无菌部位分离的非结核杆菌，更有助于非结核杆菌病的诊断。