脑炎的严重程度决定是否会留下后遗症，部分脑炎患者可以痊愈，而部分患者甚至付出生命代价。由于侵害脑部的病毒较弱或较少，因此部分患者能痊愈，反之则有可能留下后遗症，严重时危及生命。若病毒损害部位位于额叶或颞叶，影响较小；若损害位于间脑部位，可能危及生命。脑炎对其他脏器影响较小，若后期护理得当，脑炎可痊愈。脑炎后遗症临床常表现为肢体运动障碍，精神方面改变，严重时可危及生命。