肛管周围血液循环较好，但存在一个薄弱点，解剖学中称为肛窦。人体肛管内存在多个点，在接近肛管齿线的位置，有类似于小袋子的结构，能够留存大便，若留存的大便带菌或有炎症，导致该处逐步产生炎症，细菌侵蚀正常组织，在白细胞与细菌斗争过程中，引起脓性反应，起脓、变大，导致患者脓肿，称为肛周脓肿。肛周脓肿的实质为细菌感染引起脓肿。