霰粒肿手术是眼科小手术，风险较低，但任何手术均会存在一定风险，主要与术中麻醉药的使用有关，如果患者对麻醉药过敏，则风险较大。另外，手术后也会出现一定的复发概率，故手术过程中需要将囊膜、囊壁切除干净，减少复发。

另外，如果进行局麻下手术，则可能因小儿哭闹等动作而发生一定危险，可选择在全麻状态下手术，一般不会引起后遗症。