新生儿吃母乳消化不良后的治疗方法主要包括：

1、原发性乳糖酶缺乏导致吃母乳消化不良：新生儿出生后即缺乏乳糖酶，吃母乳时易出现大便稀、次数多等情况，此时可采用去乳糖的配方奶粉代替母乳进行喂养；

2、继发性乳糖酶缺乏导致吃母乳消化不良：新生儿感染某些病毒后，造成小肠绒毛损伤，导致乳糖酶的合成减少，吃母乳时可出现消化不良，此时应针对原发疾病进行治疗，待肠道功能恢复后，乳糖消化功能可自行恢复。