间质性膀胱炎的确切病因目前尚不完全清楚，大多数专家最近10年的研究表明，以下因素与间质性膀胱炎相关：

1、膀胱内慢性感染：几乎所有间质性膀胱炎病人，在诊断间质性膀胱炎前，均有不同程度的尿频、尿急、尿痛症状，或者在尿常规检测时发现大量白细胞，因此，各种类型的慢性膀胱感染可能会诱发间质性膀胱炎；

2、肥大细胞浸润：肥大细胞是过敏反应中起重要作用的一类细胞，能够释放出组胺，所以会导致膀胱内周围的血供增加以及容易出血等一系列表现；

3、上皮通透性改变：膀胱内可以储存尿液，但这些尿液很难渗入膀胱壁内，因为上皮黏膜有很好的封闭特点，患有间质性膀胱炎时会破坏这层屏蔽，所以尿液中有毒的成分可能会进入膀胱上皮内，可能导致间质性膀胱炎；

4、其他因素：包括神经源性膀胱学说，认为间质性膀胱炎其实属于盆底内脏疼痛综合征的一种。

综上假说都反映，目前对间质性膀胱炎的认识依然不是非常透彻。