临床认为手术并非鼻咽癌的首选治疗方法。由于鼻咽癌手术较复杂，因此鼻咽癌切除术可能出现的后遗症较多。如术中可能出现神经损伤、血管损伤，进而引发吞咽功能障碍等。

其中迷走神经的损伤可导致声嘶、胃肠功能紊乱，而舌咽神经损伤可导致咽部感觉障碍。另外，鼻咽癌还可导致于颈部大血管损伤，尤其是颈内动脉损伤，可引发致命性大出血。