由于十二指肠镜是针对十二指肠乳头及肝、胆、胰部的疾病所设计，因此十二指肠镜的适应症主要包括肝、胆、胰部的疾病，如十二指肠乳头疾病及胆胰管狭窄、胆胰管结石以及胆胰管肿瘤等疾病。如临床中可通过子母镜观察胆胰管的病变，十二指肠镜下通过网篮取出胆胰管的结石，通过球囊扩张狭窄的胆胰管，以及通过乳头切开刀扩大乳头等。