附睾囊肿手术仅单纯将囊肿剥离、取出，故创伤相对较少，但止血短期内如止血不严密，手术部位会出现血肿或水肿，此为常见情况。

水肿表现为手术部位鼓胀，手捏有疼痛感，通常3-6个月后逐渐消失。另一种情况为术后6-12个月后可能感觉手术部位稍有不适，此种情况较难说明原因，但囊肿切除为小手术，相对较简单，理应不会有太大的并发症或后遗症出现。