脑深部电刺激的适应症包括原发性帕金森病、肌张力障碍、癫痫等疾病，国内最常用于原发性帕金森病的治疗。目前该疗法已涉及精神领域，如难治性强迫症，效果较好，还可用于抽动秽语综合征、重度抑郁症、神经性厌食等疾病的治疗。另外，部分医院还将其用于戒毒，但国家对该治疗法有控制。近年来脑深部电刺激治疗方法正在逐渐发展，临床也在探讨该疗法是否可用于其他疾病的治疗，如老年痴呆等。