心脏彩超和心脏CT两者因为成像原理不同，因此检查疾病的侧重点也不同。具体如下：

1、心脏彩超是通过多普勒超声仪器，主要是监测心血管系统内结构，以及血流方向，可以实时、直观、形象的监测心脏大小、形态、结构和功能，监测心脏收缩以及舒张功能，而且彩超没有辐射；

2、CT为计算机断层重建扫描，需要打入造影剂以后，才能使心血管系统显影，特别是在显示冠状动脉的狭窄程度和血管畸形优于心脏彩超。但是CT具有X线辐射，禁忌证较多。因此，在诊断先天性心脏畸形时，多数要结合心脏彩超以及心脏CT检查。