低位复杂性肛瘘即为肛瘘位置较低，未超过深层括约肌，且瘘管有多个外口。临床中肛瘘分高位、低位两种，肛窦位于肛缘上部，可分泌黏液，软化粪便，多数肛瘘是由肛窦感染所致，细菌可沿淋巴管向四周扩散，扩散至肛周可形成肛周脓肿，破溃后即可形成肛瘘，而此传播细菌的管道即为瘘管。其中，瘘管、瘘管内口以及破溃后的外口为肛瘘形成的三要素。