高位复杂性肛瘘换药较为重要，要求患者必须到医院进行一周两次换药。换药的过程是将引流管放置盲端深处，因伤口不能自己闭合、自己生长，所以换药要由深处到浅处、由四周到中间换药。另外，换药时首先要清理伤口，早期可以用苯扎氯铵清洗，后期选用温水清洗，临床不建议选择高锰酸钾清洗。多数患者三个月可以恢复正常，若长时间不愈合，则需采取其他措施。