高位复杂性肛瘘的手术时间要根据患者病情、手术复杂程度不同而有一定的区别。如果是简单的高位复杂性肛瘘，手术时间约需30分钟，麻醉时间约需20分钟；但若为复杂性肛瘘，特别是高位马蹄形或者盲端较深，可以到达骨盆直肠窝，长度可能超过10cm，最后需将直肠壁需切除掉，继而对直肠壁进行修补，手术时间约需要1个小时。