肛门疼痛的治疗主要有对症治疗和病因治疗，如果疼痛比较剧烈，可以口服止痛药来减轻疼痛。具体的治疗要根据病因来确定，比如肛裂，在基本的止痛治疗情况下，还要用直肠黏膜保护剂，再加清洗的方法促进肛裂愈合；对痔疮水肿，可以口服血管活性药物减轻痔充血；如果形成血栓，要进行手术治疗。根据各种不同的原因，具体用药最好是到当地医院，在医生指导下进行，不要自行服用。