肛门脓肿大部分是由肛腺感染引起来的，主要症状为肛周持续性、跳动性疼痛，有的可伴发有高热。当病变出现的时候，可以出现病变部位的红、肿、疼痛，有压痛感，脓肿形成的时候有波动感。一旦诊断明确，一般是建议手术切开引流，而不是一味地应用抗生素。治疗上根据脓肿位置高低和严重程度，可以采取门诊治疗或者住院治疗。比较浅的肛周脓肿，可以进行门诊切开，比较局限的脓肿，可以考虑一次性根治，免得二期手术；对于比较大的脓肿，且较深的脓肿，往往内口比较难以发现，如果一味的去寻找内口，反而会损伤肛门功能。一般来讲，可以先一期切开，然后二期再把内口清除，这样既解除了病灶，又尽最大能力保证肛门功能。
