小儿脑炎治疗，首先是抗感染，分病毒、细菌、结核、真菌，有不同的抗感染方法。病毒感染要进行抗病毒治疗，如果是肠道病毒，要使用更昔洛韦，其它普通病毒用阿昔洛韦、病毒唑即可。
细菌感染，要分革兰氏阳性或者阴性菌。革兰氏阳性菌感染，相对脑炎不重的情况下选择青霉素，比较严重时选择万古霉素。革兰氏阴性菌一般是用头孢曲松钠。
在菌种没有鉴别出来、没有培养出来的情况下选择广谱抗生素，即覆盖革兰氏阳性阴性菌的抗生素，一般选择2种抗生素抗感染治疗。
如果是结核感染，需要抗结核治疗，强调早期，越早越好。所以未确定诊断时，可以先选择诊断性治疗，使用抗结核治疗。因为抗结核治疗完全可以影响到预后，早治疗或晚治疗效果完全不一样。
另外，需要护脑、降颅压等对症支持治疗，抽筋时要进行止痉治疗，出现肢体运动功能障碍，需要进行康复治疗。
