避孕药危害最大的主要是紧急避孕药和长效避孕药，因为短效避孕药现在用量很少，不但有避孕作用而且副反应是很小，长效避孕药和紧急避孕药主要成分为大量的孕激素。
还有雌孕激素的复合制剂，由于激素量过大可以造成女性肝脏的损伤、内分泌的紊乱、月经周期的改变。大于40岁的妇女剂量过大，有的还可以造成乳腺癌、子宫内膜癌等情况，有的肝脏疾病或者有血液病的患者都不宜服用。
紧急避孕药在每年使用不要超过3次，每月使用不要超过2次，临床上看到过一个这样的案例，那个病人就是长期的头疼、恶心，当时颅内压增高，后来就到医院里去，医院里也不知道是什么原因，后来就用了颅内降压。
但一次一次以后就导致了双目失明，后来北京市扩大会诊以后就问有没有使用避孕药，后来才想起在皮下埋了一个长效的避孕药，这种药的剂量都特别大，可以引起血管里的血液黏稠度增加，后来这个病人在视网膜上都引起血栓，就造成双目失明。
紧急避孕药和长效避孕药剂量过大，所以现在慢慢在淘汰过程中。
