脊髓纵裂的手术风险类同于所有脊髓的手术，脊髓是传导肢体活动、感觉以及大小便这些括约肌的功能，如果在手术过程中引起脊髓损伤或者神经损伤，术后有可能出现双下肢活动较差，甚至双下肢完全瘫痪，出现大小便失禁或皮肤感觉障碍等，这是神经损伤的问题。还有做完手术以后，在伤口下可能形成积液。积液一般是硬脊膜的缝合不严密引起的脑脊液漏，有时会持续很长时间，在治疗上有时要穿刺，反复穿刺再包扎。若脑脊液漏较严重，还需重新做手术进行修补。脊髓纵裂术后还有可能引起伤口感染，这种伤口感染可以经过手术野，波及到脊椎管脊髓内引起中枢神经系统感染。手术还会有其他问题，如极少数患者还可以引起脑积水，这种情况比较少。这些都是术后主要的并发症。