衣原体阳性通常提示体内有衣原体感染，衣原体是一类专性细胞内寄生的原核细胞微生物，临床上常见的致病性衣原体，主要是肺炎衣原体和沙眼衣原体。
1、肺炎衣原体：主要经呼吸道飞沫进行传播，感染人体最常表现为肺炎，其次是支气管炎、咽炎、喉炎、鼻窦炎和中耳炎等，老年患者以肺炎多见，青少年以支气管炎、上呼吸道感染多见，可有发热、持续的咳嗽、咽喉痛、声音嘶哑和全身不适等；
2、沙眼衣原体：流行于世界各地，感染人体可导致沙眼、包涵体结膜炎、性病淋巴肉芽肿，以及泌尿生殖道的感染，可通过眼-手-眼的途径进行传播，也可通过性接触传播。另外，间接接触被沙眼衣原体污染的毛巾、洗浴用品等也可进行传播。感染沙眼衣原体的孕妇，在妊娠和分娩期间，还可将衣原体传播给胎儿或新生儿。沙眼衣原体感染泌尿生殖道，男性可出现尿道炎、前列腺炎、附睾炎、直肠炎，常表现为尿道的刺痛或烧灼感，尿痛或有尿道的分泌物，一侧或双侧的附睾疼痛和触痛、肿大，以及后尿道、会阴部，肛门等区域轻微的疼痛及坠胀感。女性出现尿道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎及宫腔内的感染，表现为阴道分泌物增多，尿道口的充血、尿频、尿急，排尿困难等，甚至还会出现不孕、异位妊娠，以及流产、早产、死胎等。
