常年消化不良应该用药物积极地改善胃肠道的消化和吸收功能。对于常年消化不良的患者，应积极寻找原发病，如幽门螺杆菌感染、慢性胃炎、萎缩性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡等。如果出现这些情况，应积极为患者进行消化不良的治疗。如果患者出现幽门螺杆菌感染，可应用三联或四联的办法根除。

另外，对于常年消化不良的患者，需判断是否为内分泌代谢等情况造成。如果是内分泌因素导致，应积极调整人体的内分泌功能，包括甲状腺功能严重亢进、肾上腺功能亢进等。这时除对消化不良进行改善外，还需对原发病进行调整。除上述的情况，如果患者出现反酸、烧心、腹胀、腹泻等临床症状，还可以对症应用一系列药物，包括胃肠道益生菌的调理治疗。