婴儿秋季腹泻目前来说没有特殊的药物治疗。由于轮状病毒疫苗的广泛接种，这个病目前来说多数病情比较轻，病程比较短，呈自限性。所以大多数在门诊接受治疗，合理的饮食，适当的用药，可以缩短病程，使疾病很快的恢复，对小儿健康影响不大。如果处理不当，可以出现脱水、酸中毒、电解质紊乱，严重者也可以危及患儿的生命，或者导致疾病迁延，造成患儿的营养不良，影响孩子的生长发育。腹泻的治疗原则主要包括预防脱水、纠正脱水、继续饮食及合理用药。如轻中度脱水可以口服补液，采用口服补液盐治疗；中重度脱水伴电解质紊乱、酸中毒，并且呕吐比较频繁，建议到医院进行液体疗法，静脉补液。秋季腹泻强调继续饮食，满足生理需要，补充疾病的消耗，以缩短腹泻后的康复时间。对饮食的结构进行合理的调整，有严重呕吐的这一部分病人，可以暂禁食4-6个小时，但是可以补水，待呕吐好转以后，再继续进行正常的饮食。饮食强调由少到多，由稀到稠。秋季腹泻多有继发的双糖酶的缺乏，可以暂停乳类的喂养，改为豆类、淀粉类的代乳品以及去乳糖的配方奶粉，以减轻腹泻，缩短病程；还可以给一些肠黏膜的保护剂、肠道的微生态的疗法，如肠道益生菌来治疗，但是强调一点秋季腹泻抗菌药物治疗是无效的。