小儿肾活检出现的并发症分为常见和罕见两种。常见的并发症有血尿、镜下血尿、血肿，还有腰痛、腹痛。镜下血尿的发生率小于10%，肉眼血尿的发生率小于3%。血尿的出现一般在1-3天内消失，血肿主要出现在肾周和腰背部，腰痛、腹痛在短期内也可以缓解。第二类是比较罕见的并发症，有肾动静脉瘘、肾大血管的破裂，还有损伤肝脏、脾脏、肠管等脏器，还有造成肾脏的感染。