试管婴儿和正常怀孕出现的新生儿缺陷的几率是相似的，因为试管婴儿的过程只是把女方的卵子和男方的精子在体外，即在实验室下受精培养成胚胎，然后再放回到女性的子宫里面让她怀孕。在实验室培养的过程也就是大概3-5天的时间里面，就是说母体还是要经过10月怀胎再分娩的，并且卵子和精子都来自于夫妻双方，并且遗传物质都是来自于夫妻双方，后面正常怀孕的过程跟自然怀孕基本上是类似的，所以出生缺陷的几率基本上也是相似的。但是如果是夫妻双方本来有一些遗传性的疾病的情况下，这种可能出现缺陷的几率会增加。如果是夫妻双方本身没有一些遗传性的疾病，下一代出现这种异常的几率和通过正常怀孕分娩的这种出现几率是相似的，大概在5%左右。如果本身夫妻双方有遗传性的疾病，也建议做第三代的试管婴儿，即胚胎植入前遗传学诊断，这样来讲会降低新生儿出现缺陷的几率。
