多器官衰竭的病因目前来说还不是非常明确，医学上是也是没有完全阐明。多器官功能衰竭现在认为是一个自我的完全失控的破坏性的炎症综合的反应，因为多器官损伤虽然是继发于创伤、感染之后，但是它的发病的原因不一定跟原发的部位有关系，比如说病人是存在感染。但是多器官损伤的部位往往会远离这个感染的位置，比如说你肺部的感染，可能会存在脓毒症脑病，也可能损伤到肾，我们叫急性肾损伤，也可能影响到肝。所以说多脏器衰竭它的发病原因，现在就是说不一定跟它的外源性的因素，或者是它的感染性的因素有一定的关系。它往往跟外源性的因素无关，这就提示了可能跟内源性的因素有非常的大的关系，现在的临床研究实验室检查，提示可能会跟几个因素相关：

1、细胞因子过量或者是肠道的菌素移位，将肠黏膜的屏障破坏；

2、内毒素的损伤，有很大的相互作用的关系，而往往这些因素它不是独立的，往往这些因素它是相关的，互相促进的，比如说感染内毒素损伤导致酸中毒、休克，然后酸中毒又引起代谢功能的衰竭、内环境紊乱，导致休克进一步加重，又加重了代酸或者是乳酸酸中毒，所以这一类的内环境的紊乱，它又进一步破坏你的循环。所以就是说它是一个相互作用的链条，综合作用因素导致的一个多脏器衰竭的结果。