如果只是单发的肛窦炎，单纯的行手术治疗，一般来说一个星期之内可以完全缓解症状，手术以后只要单纯的行伤口换药就会完全治愈。

但是如果合并结肠炎、直肠炎、肛管炎，反反复复的炎症，加上自己天生就有肛窦凹陷的体质，排便习惯也不好，经常吃辛辣刺激的，饮酒、吃槟榔等，容易诱发肛窦炎再发，这种情况就要引起注意。只要是完整切除挂线治疗的肛窦，永远不会再发，因为那个肛窦已经被切除。

但是其他已经存在的正常解剖结构，就要通过饮食来控制体内的炎症，防止炎症集聚在那里引起复发。只要能注意这些基本点，基本上肛窦炎是可以治疗好的。