晚期甲状腺癌难以治愈，甲状腺癌在经过治疗后，部分患者可能治疗效果欠佳，尤其是持续复发性的甲状腺癌。甲状腺癌晚期如果已经出现肺转移，或者骨转移、广泛转移，治疗效果欠佳。复发的甲状腺癌虽然分期较晚，比如局部的转移、侵犯，如果能通过手术处理，效果一般都较好。部分晚期甲状腺癌行手术治疗后，反复复发，治疗效果欠佳。

虽然晚期甲状腺癌难以治愈，但是目前还有较多的治疗方法，比如碘-131治疗和逆转碘-131抗性治疗，也可以起到治疗效果。目前又出现针对甲状腺癌的靶向药物，对于晚期甲状腺癌也有一定的治疗效果，比如针对PDGFR-α基因、VEGFR1基因、VGF基因药物。目前晚期甲状腺癌治疗的目标可能需要改变，一是延长生存，二是保证生活质量尽量少受影响。