流感嗜血杆菌是细菌，所以抗感染治疗有效，因为是革兰氏阴性小杆菌，所以对β-内酰胺类，比如青霉素类、阿莫西林克拉维酸，头孢二代、三代都有效。同样其对喹诺酮类，比如左氧氟沙星、莫西沙星以及阿奇霉素等也有效。选择抗感染药物的种类以及剂量，要根据感染的部位以及感染的严重程度来定。

流感嗜血杆菌是革兰氏阴性小杆菌，主要定植在呼吸道，所以流感嗜血杆菌通常会引起会厌炎、中耳炎、支气管炎、肺炎，甚至可以引起心包炎等。患者可以通过血流引起菌血症、脓毒血症，甚至侵袭到心内膜、关节等其它部位。