轻微的慢性结肠炎，通过改善合理饮食，有规律的生活，还有慢跑、运动、游泳、瑜伽改善体质，治疗结肠炎。如果中到重度的结肠炎，还要用抗生素，配合增加的肠道益生菌的药物。还可以采取中医中药治疗，根据辨证、寒热夹杂、虚实错杂，采取健脾消食，清热利湿的治疗方法。临床使用的乌梅丸、参苓白术散、木香顺气丸，都是很好的治疗慢性结肠炎的药物。