慢性结肠炎目前还没有发现根治药物。医学上讲，不存在根治，一般称为达到临床治愈，更科学合理。西医方面主要使用以肠炎宁为代表抑制肠蠕动药物、以思密达为代表的保护肠黏膜药物，以及以双歧杆菌为代表的益生菌三类药物。结肠炎属于慢治病，中医有其治疗优势。
祖国医学认为病变部位在肠，与肝、肾、脾、胃密切相关，证型以脾虚湿盛为主，治则以健脾祛湿、理气止泻为主。部分科室也根据治疗法则，研制出愈肠丸、理气健中合剂。针对溃疡性结肠炎，同时还有参黄愈肠液进行保留灌肠，促进创面愈合，效果非常满意。所以结肠炎在
目前医学界来讲，算是治疗比较棘手的疾病，治疗比较缓慢，而且易反复。据不完全统计，该病发病率达到16.5%，而且男女发病均等，所以治疗上应该以中西医结合为主，可以采取多种方法治疗，如穴位贴、保留灌肠、口服中药等多种方法，多管齐下，能够收到满意效果。
