乳腺癌化疗的并发症很多，因为化疗药物作用到不同脏器，有不同并发症。我们常见的是肝脏损伤，肝功能转氨酶增高，影响食欲，比如恶心、呕吐；其次最常见就是胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻等并发症；还有对皮肤的毒副反应，比如常见手足综合征，即手和脚的脱皮，甚至严重时有溃疡和指甲出血，会有水肿、破溃等并发症；还有神经毒性，比如手指和脚趾等末梢部位的麻木、疼痛；还有血液毒性，常见的是白细胞下降、血小板下降、贫血等血液毒性，尤其白细胞下降会造成感染发生，会有发热，还有各种细菌、其它微生物感染发生；另外，对肾脏毒性，比如肾BUN增高、肌酐增高而造成排尿困难，都是乳腺癌化疗的并发症；其它还可以造成皮肤过敏，比如皮疹、瘙痒、荨麻疹等反应。
