一般脑神经衰弱主要是采取对症处理治疗，常用药物包括谷维素以及维生素，如维生素B₁、维生素B₁₂、甲钴胺(内源性维生素B₁₂)等，还会应用脑代谢剂或脑复活剂，如茴拉西坦、健脑胶囊、艾地苯醌等。对于脑神经衰弱的其他症状如失眠，可应用改善睡眠药物如苯二氮卓类药物，包括阿普唑仑、艾司唑仑等，还有非苯二氮卓类药物如唑吡坦、右佐匹克隆、佐匹克隆等，以及中成药如舒眠胶囊、百乐眠等。

另外，脑神经衰弱一般会合并轻度抑郁和焦虑，此时可应用改善抑郁、焦虑的药物，如5-羟色胺再摄取抑制剂、5-羟色胺-去甲肾上腺素再摄取抑制剂，以及去甲肾腺腺素和特异性5-羟色胺再摄取抑制剂，临床常用药物包括艾司西酞普兰、度洛西汀、米氮平等，可改善患者临床症状。对于其他系统表现如心慌，此时可应用心得安(普萘洛尔)，消化系统表现可应用复方消化酶等进行对症处理。