消化系统的病三分靠治，三分靠养。治疗肠细膜淋巴结炎，让患者清淡饮食，甚至要求禁食，让肠道、消化道休息一段时间。还有一些对症支持治疗和抗生素治疗，同时给予调节肠道菌群的药，这是西医治疗。

部分医院会采取中医特色治疗，采用隔物灸、穴位贴敷也可以达到很好的效果。有时采取清热解毒、清肠的治疗，清热凉血的辅助中药也可以取得良好的疗效。