肛门疾病分类较多，分类有不同的分法，其疾病也不相同。具体如下：

1、按疾病性质可分：恶性疾病包括肛管直肠癌等，良性疾病较多，包括普通痔、肛裂、肛周脓肿等；

2、按照器质性的病变和功能性的病变分：器质性病变包括痔、肛裂、脓肿等，功能性病变包含感觉障碍，比如肛门瘙痒，还有排便功能障碍，即耻骨直肠肌综合征，以及盆底痉挛等疾病，也叫功能性肛门直肠疾病，属于肛周疾病的一种。