骨囊肿容易和骨结核等疾病相混淆，骨囊肿是膨胀性溶骨性破坏，而骨结核是无规则溶骨性破坏。两种疾病通过穿刺鉴别，骨结核穿刺可见脓液，而骨囊肿穿刺为清晰液体。还有关节下骨囊肿，也就是软骨下骨囊肿，比如髋关节软骨下骨囊肿非常大，是由于关节软骨有孔，随着关节压力增加，使病灶逐渐变大。这需要做病灶清除和植骨，防止复发。