早期诊断真菌性角膜炎的方法有两大类，一类是有创的，第二类是无创的。所谓有创，早期诊断真菌性角膜炎的方法是采取刮片的方式，这也是沿用比较久的、非常经典的快速诊断真菌性角膜炎的方法。会对真菌性角膜炎的患眼角膜溃疡进行刮片，取下少量的溃疡组织然后涂在载玻片上，放到显微镜下查找溃疡组织内是否有真菌的菌丝，这属于有创的诊断真菌性角膜炎的快速的方法。随着医疗技术的发展，目前有共聚焦显微镜，共聚焦显微镜的出现属于无创性的检查操作，不需要对角膜溃疡灶进行取材，而且是通过激光的方法，即通过成像直接检测，真菌性角膜炎患眼病变处是否有真菌菌丝的存在，从而达到明确病原菌的目的。
