在就诊或刚发现肝母细胞瘤时，很难对患者的预后进行判断。有诸多因素影响肝母细胞瘤的治疗，现在也有国际标准的危险度分级系统，危险度分级越高，远期治疗效果越差。同时，每个人对于手术或者化疗的反应不同，因此在疾病早期很难判断肝母细胞瘤治疗效果。但医生往往会根据患者的发病细节、临床特征，以及治疗后反应对预后进行大致的判断。如果存在远处转移、肿瘤破裂、血管侵犯，或者在大血管内存在肿瘤栓子，均可能严重影响远期治疗效果。

肝母细胞瘤的重要血清标志物是甲胎蛋白，若治疗之后甲胎蛋白在短期内有明显下降，同时伴有肿瘤体积迅速缩小，患者远期治疗效果相对较好。若经过术前化疗、手术切除、术后化疗，甲胎蛋白下降速度比较缓慢，甚至下降后再次升高，以及在正常值上进行反复波动，此类患者远期治疗效果相对较差。