治疗念珠菌感染最好的药膏是抗真菌药膏，抗真菌药膏种类很多，常见的包括克霉唑软膏、硝酸咪康唑软膏、酮康唑软膏、联苯苄唑软膏、盐酸特比萘芬乳膏以及硝酸舍他康唑乳膏等，对念珠菌都有很强的杀灭作用。每个人使用哪种药膏最好因人而异，有的人可能对酮康唑软膏反应好，有的人可能使用硝酸咪康唑软膏效果好。
治疗念珠菌总的原则是使用抗真菌药膏，如果使用其他方面的药膏，如使用治疗细菌的红霉素软膏、氧氟沙星凝胶、莫匹罗星软膏等，杀灭念珠菌无效。所以治疗轻度的念珠菌，局部使用药膏就即可。如果比较严重，可能还要考虑系统性地内服药物治疗，如内服伊曲康唑或氟康唑等，内服药物对念珠菌也有很强的杀灭作用。如果念珠菌感染面积比较广、比较顽固，就可以考虑内服、外用一起治疗，治疗效果比较好。
