巧克力囊肿术后通常要打针，巧克力囊肿虽然是良性疾病，但却有恶性疾病的行为，即侵犯周边组织，较易复发，所以巧克力囊肿术后长期管理特别重要。长期管理的一部分即术后注射GnRH-α，中文名字为促性腺激素释放激素激动剂，目的为使月经不要来潮，起到暂时药物性卵巢切除的作用。

一般会在手术后直接注射，或手术后月经来潮的第一天注射，一般28天注射一针，在第一针时可能会出现出血的情况，第二个月时一般出血消失。注射第二针时，即第2个月时通常没有阴道出血的情况。每个患者一般注射3-6针，依据患者术中情况及针的分期决定。巧克力囊肿的术后长期管理除注射GnRH-α外，术后的避孕药及曼月乐环的放置也很重要。