巧克力囊肿会引起CA12-5升高。CA12-5是肿瘤标志物，在妇科肿瘤中应用最为广泛，也较常见，特别是对恶性肿瘤，通常用CA12-5进行鉴别诊断。CA12-5受太多因素影响，如炎症或怀孕，甚至手术刺激腹膜均会导致CA12-5升高，甚至女性月经来潮时CA12-5可能也会有一过性的升高。

巧克力囊肿是引起CA12-5升高最常见的良性疾病，一般巧克力囊肿导致的CA12-5升高＜200U/mL。如果有巧克力囊肿，同时又有CA12-5的数值升高，且＞200U/mL，这时要重视，需排除有无恶性病变，即巧克力囊肿恶变的情况。