肝囊肿是肝脏的良性疾病，如果诊断比较明确的肝囊肿，甲胎蛋白是不会升高的。

因为甲胎蛋白是在胎儿肝脏或者卵黄囊分泌的一种蛋白质，成人的含量非常低。如果甲胎蛋白的升高，大多数情况是由于肝癌组织的生理活性，更加接近于幼稚的细胞，会分泌大量的甲胎蛋白物质。

而肝囊肿没有肝脏肿瘤细胞，因此也不太会分泌甲胎蛋白。因此对于有乙肝背景的患者，如果有肝囊肿，发现甲胎蛋白持续地升高，这时可能就要关注，所要关注的重点并不是肝囊肿，而是其他的肝脏部位有没有可能出现一些早期的肝癌表现。

当然，对于肝癌的患者，甲胎蛋白升高是越来越高，部分患者虽然有肝囊肿，甲胎蛋白也是升高的，但是只是在比正常人略高的水平线上下波动，比如20µg/L多、30µg/L多甚至40µg/L多，这样的水平线上下波动，并不会持续性升高。

这样的患者，通常也是没有乙肝的相关背景，没有得肝脏肿瘤的一些相关危险因素。这时其实在临床上称为无症状性的甲胎蛋白升高，很有可能是一种生理性的表现，并不是疾病的状态。因此诊断明确的肝囊肿，本身并不太会诱发甲胎蛋白升高的。