流行性腮腺炎常见的并发症主要有病毒性脑膜炎、急性胰腺炎、睾丸附睾炎、卵巢炎等。病毒性脑膜炎多发生于腮腺肿大后一周左右，主要表现是发热、头痛、呕吐、嗜睡、惊厥、抽搐或者颈项强直等。急性胰腺炎的主要表现是中上腹疼痛以及压痛，伴有呕吐、发热、腹胀、腹泻或者便秘等症状。青春期的儿童可以累及到性腺，男性的主要表现是睾丸附睾炎，也表现高热、寒战、头疼、恶心或者下腹部疼痛。女性患者主要表现是卵巢炎，有发热、呕吐、下腹部轻压痛或者月经周期性失调等。除此之外，还可出现其他并发症，如心肌炎、肾炎、肝炎、乳腺炎、甲状腺炎等。