肛瘘的检查比较复杂，诊断比较困难，可以通过以下几个方面：

1、首先要找到肛瘘的发生的部位，肛门的部位以点来计算，即把肛门看成一个时钟。肛瘘发生的部位，有开口的肛瘘，可以看到在肛门的几点钟发现外口，然后要摸清肛瘘的走向，一般情况下在肛周可以摸到一个条索状的肿块。从外口，向内口延伸，部分肛瘘可能是盲端瘘，可能是看不到外口，但是可以摸到一个条索状的肿块。因此，要做到“一看，二摸，三指诊”，指诊要了解肛瘘在肛门里面的具体情况、具体部位和性质；

2、进一步的检查，如经肛门腔内的三维超声，将B超的探头放在肛门、直肠里，通过三维图像可以了解到肛瘘的走行、肛瘘的发生部位，以及肛瘘与括约肌之间的关系，通过图像可以建立肛瘘的走向的立体观；

3、对一些非常复杂的高位肛瘘，需要做肛管周围的核磁共振。通过核磁共振可以清楚的看见每一根瘘管的走行。